О создании православной духовной семинарии в Новосибирске в 1950-е годы ходатайствовали митрополиты Варфоломей (Городцев) и Нестор (Анисимов). Но Промыслом Божиим учреждение духовных школ в Новосибирской епархии совершилось в конце двадцатого столетия, после празднования Тысячелетия Крещения Руси.
В 1994 году было положено начало Новосибирскому православному богословскому институту. В 2004 году по благословению Святейшего Патриарха Алексия II институту было присвоено имя великого миссионера Русской Православной Церкви — святителя Макария (Невского), митрополита Алтайского (†1926), прославленного в 2000 году в лике святых угодников Божиих. С этого времени институт стал именоваться Свято-Макарьевским. В 1998 году при институте был создан молодежный хор. А в 1999 году было учреждено регентско-псаломщическое отделение. Институт также начал профессионально готовить церковных звонарей.
27 мая 2009 года, в историческом здании Святейшего Правительствующего Синода в Санкт-Петербурге, на заседании Священного Синода Русской Православной Церкви под председательством Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Кирилла было принято Определение, которым дневное отделение пастырского факультета Новосибирского Свято-Макариевского богословского института было преобразовано в Новосибирскую православную духовную семинарию.
Свято-Макарьевский богословский институт в свою очередь был преобразован в Центр подготовки церковных специалистов по разным направлениям: катехизации, миссионерству, социальному и молодежному служению. Этот центр действует при Новосибирской православной духовной семинарии.
Новосибирская духовная семинария находится в городе Обь, в бывшем здании гарнизонного Дома офицеров. Когда областные власти передали здание Новосибирской епархии, оно было в полуразрушенном состоянии. Произошло это в 2004 году. Сейчас здание, в котором находится семинария, выглядит совсем по-иному — его не узнать, и только фотографии в фойе напоминают о тех руинах, которые когда-то достались епархии.
Главное здание Новосибирской православной духовной семинарии теперь похоже на величественный дворец: огромное, белоснежное, с колоннами и золотым крестом на крыше. Оно окружено аллеей, территория вокруг ухоженная и опрятная. Рядом со входом в НПДС располагается звонница — уличное сооружение для колоколов, и в дни, когда в церкви проходит служба, город Обь наполняется колокольным звоном.
Семинарский храм был освящен архиепископом Новосибирским и Бердским Тихоном (ныне митрополит Владимирский и Суздальский) в 2008 году в честь святителя Тихона, епископа Воронежского, Задонского чудотворца.
В 2015 года семинария получила лицензию на образовательную деятельность. 4 декабря 2020 года в праздник Введения во храм Пресвятой Богородицы семинария получила свидетельство о государственной аккредитации.
Работа Новосибирской православной духовной семинарии теперь охватывает целый ряд направлений: образовательная деятельность, научно-исследовательская деятельность, богословско-катехизаторские курсы, курсы певчих церковного хора, иконописное отделение, обучение искусству колокольного звона. Семинария имеет свой сайт, который своевременно знакомит читателей с событиями, связанными с ее жизнедеятельностью.
Круг просветительной деятельности Новосибирской православной духовной семинарии обширен. Она активно участвует в жизни города Оби. Ее студенты принимают участие в концертах и различных мероприятиях, организованных домом культуры «Крылья Сибири». Семинария сотрудничает с местной газетой «Аэро-Сити», с социальным отделом администрации города, с отделением Всероссийского общества инвалидов в города Оби, имеет связи с городскими школами, проводит экскурсии для учащихся школ города, расширяет связи с воинскими частями.
С 2020 года семинария организует ежегодные Всероссийские Свято-Николаевские чтения. В нынешнем — юбилейном для Новосибирской епархии 2024 году — конференция была проведена 27–28 мая. Пленарное заседание состоялось 27 мая в актовом зале учебного корпуса семинарии. Во второй день, 28 мая, конференция проходила в Новосибирском епархиальном доме. Работы участников Свято-Николаевских чтений публикуются в журнале «Новосибирский временник». Издание зарегистрировано в РИНЦ, выходит с 2020 года.
К настоящему времени вышло в свет уже 17 выпусков «Богословского сборника» Новосибирской православной духовной семинарии.
Одним из значимых мероприятий юбилейного 2024 года, в котором приняла активное участие семинария, стала школьная конференция «Православие в Сибири». Она прошла 16 мая 2024 г. в Доме культуры «Крылья Сибири» г. Оби и была посвящена памяти святых равноапостольных Кирилла и Мефодия, Дням славянской письменности и культуры. Ее организаторами стали управление образования и культуры города Оби, Новосибирская православная духовная семинария и Государственная публичная научно-техническая библиотека СО РАН.
10 апреля нынешнего года представители Новосибирской семинарии участвовали в конференции, посвященной преподобному Иоанну Лествичнику, организованной в Барнаульской духовной семинарии.
Студенты и преподаватели иконописного отделения семинарии приняли участие в общецерковном конкурсе «Лица святых заступников Руси». 16 мая в Новосибирском государственном краеведческом музее открылась выставка икон и живописных изображений участников регионального этапа. Конкурс реализуется при поддержке Президентского фонда культурных инициатив — совместного проекта Учебного комитета и Московской духовной академии. Открытие данной экспозиции прошло в рамках большой выставки «Весна пасхальная», посвященной 100-летию Новосибирской епархии. Выставку открывали митрополит Новосибирский и Бердский Никодим и министр культуры Новосибирской области Ю.К.Шуклина. На ней представлены более 200 экспонатов XVII — начала XXI века из собраний Новосибирского краеведческого музея, Новосибирской епархии Русской Православной Церкви, Союза коллекционеров Сибири и фонда «Гавань веков».
17 мая 2024 года в Новосибирской государственной областной научной библиотеке (НГОНБ) состоялась третья межвузовская дискуссионная площадка «Встреча», организованная Новосибирской православной духовной семинарией и НГОНБ. Мероприятие было организовано под эгидой министерства культуры, министерства образования Новосибирской области и Новосибирской митрополии в рамках межвузовского сотрудничества по молодежной политике и воспитательной деятельности с целью сохранения и укрепления традиционных российских духовно-нравственных ценностей у современной молодежи, а также для объединения студенческого сообщества и обмена мнениями по важным вопросам.
Студент 3 курса семинарии Феодор Кизюн участвовал в XVI студенческой научно-богословской конференции, состоявшейся 16–17 мая в Санкт-Петербургской духовной академии. Его доклад «Литургический контекст молитвы на благословение ваий в православном славянском Требнике» вызвал живой интерес и отклик аудитории. По итогам конференции его работа была высоко оценена и опубликована в научном журнале Санкт-Петербургской духовной академии «Актуальные вопросы церковной науки».
В библиотеке Новосибирской православной духовной семинарии имеется уникальная книга — Псалтырь с Часословцем XVI века. Эта древняя книга была напечатана в 1570 году в Заблудове, и издал ее первый русский книгопечатник диакон Иван Федоров. До этого дня было известно только о четырех сохранившихся книгах из того небольшого тиража. Одна из них находится в Лондоне в библиотеке Ламбитского дворца, другая в Российской национальной библиотеке в Санкт-Петербурге, третий экземпляр — в научной библиотеке Саратовского государственного университета и еще одна книга на Украине, во Львове. Эта книга дает большой простор для научных исследований. В ближайшее время Псалтырь оцифруют, чтобы сохранить для будущих поколений.
Кроме учебных занятий, семинаристы проходят различную практику: богослужебную, миссионерскую и социальную. Семинаристы участвуют в паломнических поездках и крестных ходах. Организованно проходит и досуг воспитанников. Семинарию посещает православная молодежь с концертными программами, проводятся молодежные викторины, семинаристы участвуют в епархиальных спортивных мероприятиях.
Богу содействующу, Новосибирская православная духовная семинария продолжает свою образовательную и просветительную миссию, готовя новых служителей Церкви и церковных специалистов.
Протоиерей Борис Пивоваров

Памяти протоиерея Александра Пивоварова
Недели пасхальной радости
25 лет служения
Служение Митрополита Макария (Невского) на территории современной Новосибирской области
Святитель Макарий (Невский)
Из проповеднического наследия святителя Макария (Невского)
«Детский» праздник Рождества Христова
80 лет возрождения колокольного звона в Новосибирске
От просвещения к служению: учительство как духовная вертикаль Времени
С радостью, сердечной молитвой и благодарностью Богу 
